Вперше про село Комишівка згадується з 1780-1883 рр. але з розкопок про перших поселенців  дотирується в ІІІ- IV столітті до н.е. Про це свідчить предмети грецьких поселень , знайдені на території села.

       З 1862 -1871 року  при церкві працювала школа, яка складалося з двох класів.

26 вересня 1880 була відкрита школа з двох класів, для хлопчиків та дівчат. З 1881-1882 року у школі навчалося 65 хлопчиків та 52 дівчат.

       В цих же роках при церкві була організована ще одна школа  із 22 хлопчиків та 22 дівчат. У 1924 була відкрита школа , збудована  з білого каміння, яка складалася із 6 класних кімнат, спортивним залом та майстернями.

Після приєднання Бесарабії до Росії (1940р.) школа перейшла на кирилицю  , навчання велося молдавською мовою.

      У 1950- 1956 р. -в школі було семерічне навчання. Перший випуск середньої школи був у 1957 р.

         У 1959 р. вже працювала десятирічна школа.

У  1964 р . в центрі села почалося будівництво нової школи.  У 1967 р.було здано в експлуатацію корпус школи . У 1973-1974 роках у школі навчалося 845 учнів.

 З 1991 школа перейшла на латинську графіку. У 2001 році відкрився перший клас з українською мовою навчання. У 2004 році директором була призначена Кокош Віра Ігнатівна.

У 2007 році школа відсвяткувало 50 річницю  першого випуску десятикласників та 40- літя відкриття нової школи.  У 2011-2012 н.р. з 21 класу  було 8 класів з українською мови навчання.

У 2012-2013 н.р. перші класи почали навчатися за програмою нового Державного стандарту .

З 2013-2014 н.р. 5-ті класи почали вчитися за програмою нового  Державного  стандарту ,у 2-х та 5-х класах почав викладатися предмет "Сходинки до інформатики", ввелася друга іноземна мова (російська) для 1-х, 5-х класів.. В 5-х класах учні почали вивчати предмет "Вступ до історії україни". У 2013-2014 н.р. кількість учнів зменшилась до  285.